Un día, en la biblioteca Sakuta Azusagawa, se topa con una visión inesperada: una hermosa chica de su instituto vestida de conejita.

Cuando Kiyotaka Ayanokouji y sus compañeros de clase comienzan su segundo año de vida, los cambios se ven por todas partes en el Instituto.

La historia se centra en los estudiantes de una escuela de Tokio fundada por el gobierno japonés con el fin de formar a los jóvenes.

Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que conoce a una hermosa chica de pelo plateado de otro mundo que lo rescata.